Období německé okupace českých zemí a druhé světové války v letech 1939–1945 představuje důležitou cézuru nejen v osudech jednotlivých vědců, ale také samotné vědecké infrastruktury.
Spisovatel Jaroslav Foglar a jeho potýkání se Státní bezpečnosti, příběh představitele roszakovské kontrakultury Lubomíra „Čaroděje“ Droždě nebo třeba polozapomenutý osud mládeže z Československa, která před nacismem uprchla do Dánska, ...
Ukrajinští nacionalisté, známí jako „banderovci“, kteří bojovali za ukrajinskou samostatnost a sjednocení národních území do jednoho státu, jsou dodnes horkým tématem, které nepřestává budit vášně.