Autoimunitní onemocnění vzniká při neadekvátní reakci imunitního systému na přirozené látky, které by měl běžně snášet bez problémů. Imunitní systém vytvářejí bílé krvinky, jež chrání náš organismus před škodlivým látkami, neboli antigeny. Ty mohou mít podobu bakterií, virů, parazitů nebo toxinů. Jakmile některý z antigenů pronikne do organismu, imunitní systém vytváří protilátky, čímž škodliviny ničí.

V případě autoimunitního onemocnění ovšem náš systém nedokáže rozpoznat škodlivé antigeny a likviduje i vlastní zdravé buňky. Z tohoto důvodu vzniká přecitlivělost organismu na určité podněty, které by za normálních okolností nebyly pro tělo problémem, a dochází k poškozování nejrůznějších části lidského organismu. Autoimunitní porucha dokáže ovlivnit jeden či více typů tkání a může mít za následek zničení tělesné tkáně, abnormální růst orgánu či změny funkce orgánů.

Jasné vysvětlení toho, proč autoimunitní onemocnění vznikají, prozatím bohužel neznáme, nicméně se v současné době již objevují určité teorie, které uvádějí pravděpodobné příčiny. Odborníci se domnívají, že velkou roli při vzniku autoimunitního onemocnění hraje především životní prostředí a genetické předpoklady. Mezi novodobé teorie dále patří tzv. hygienická hypotéza, podle níž je na vině nedostatečný mikrobiom či nerovnováha mikrobů v organismu, jež mají na svědomí především antibiotika a různé antimikrobní prostředky.

Lidem, kteří trpí autoimunitním onemocněním, je doporučováno ve stravě omezit potravinové alergeny, zejména mléčné produkty a obiloviny obsahující lepek. Jídelníček by měl dále obsahovat co nejvíce živin a minimum průmyslově upravených potravin.

Strava by měla být bohatá na ovoce a zeleninu, prospěšná je především fermentovaná zelenina, která nejen že je snadno stravitelná, ale obsahuje především důležité vitamíny a probiotika, která podporují vyvážení mikrobiomu. Některé studie navíc prokázaly, že osoby s autoimunitní poruchou trpí sníženou hladinou vitamínu D, který se významně podílí na správné funkci imunitního systému.