Děj Kryptonomikonu se odvíjí souběžně ve dvou časových rovinách: za druhé světové války a na přelomu tisíciletí. V kapitolách ze starší doby vystupuje mimo jiné Lawrence Pritchard Waterhouse, matematický génius, který má za úkol zamaskovat skutečnost, že Spojenci prolomili proslulou německou šifru Enigma. Protagonistou současné linie je Lawrenceův...