Mučitelův stín započíná čtyřdílnou ságu Kniha nového Slunce, spletitý příběh z daleké budoucnosti, kdy lidstvo spolu s narudlým hasnoucím Sluncem zvolna dožívá a někdejší rozmach je jen vzdálenou vzpomínkou.
Mučitelský tovaryš Severián pokračuje ve své pouti do provinčního města Traxu, kam jej představitelé cechu poslali do vyhnanství poté, co projevil laskavost odsouzenkyni na smrt a porušil tak cechovní pravidla.