Více než deset let poté, co poslední Rónin porazil klan Noha, New York upadá do čím dál většího chaosu. Gangy bojují o ekonomickou i politickou nadvládu a město za to platí vysokou daň.
Michelangelova pouť za pomstou byla velmi dlouhá a plná nástrah, neboť ho vedla do Japonska a přes celou Asii a Evropu zpět do Států, kde mohl konečně spravedlivě ztrestat vrahy svých nejbližších.
Budoucnost proměnila New York v technologicky vyspělé bitevní pole, ovládané klanem Noha a jeho kybervojáky. Sem přichází Michelangelo – poslední z želv ninja, aby se pomstil.