Budoucnost proměnila New York v technologicky vyspělé bitevní pole, ovládané klanem Noha a jeho kybervojáky. Sem přichází Michelangelo – poslední z želv ninja, aby se pomstil. Z jeho nejbližších zůstaly už jen vzpomínky, a tak mu nezbývá, než najít staré přátele, nové spojence a i za cenu vlastního života získat zpět síť kanálů pod městem....